Кафедра медицинской микробиологии имеет историю развития, определившуюся вехами становления вуза и потребностью здравоохранения в области подготовки специалистов, развития научных направлений.
Кафедра микробиологии была основана в сентябре 1955 года. Первым заведующим стал профессор В. В. Акимович, в 1957 г. его сменила профессор З. Е. Матусис. С 1967 по 1983 г. кафедру возглавляла доцент С. И. Керашева. С 1983 по 1995 г. руководителем кафедры являлся профессор А. Д. Островский. С 1996 г. по 2016 г. кафедрой заведовала доцент Л. Ю. Бутакова. С 1957 г. под руководством профессора Зинаиды Евсеевны Матусис было положено начало научному направлению в изучении патогенеза и возбудителей раневых инфекций и, в частности, углубленному изучению биологии микробов рода Протея. На эту тему выполнена докторская диссертация З. Е. Матусис, кандидатские диссертации А. Ф. Редько, В. И. Орлова, Б. В. Илинской, С. И. Керашевой, А. Б. Ласинскате, Г. В. Черкашина, Л. Ю. Бутаковой. Начиная с конца 80-х годов, коллектив кафедры значительно помолодел: на кафедре стали работать Е. Б. Карабасова (с 1988 г.), Н. В. Куклина (с 1989 г.), А. А. Сазанская (с 1994 г.), с 2008 года к. б. н. – В. В. Прокопьев, впоследствии ставшие доцентами кафедры.
В 2016 году произошло объединение 2 кафедр: кафедры микробиологии и кафедры эпидемиологии. Коллектив кафедры эпидемиологии под руководством д.м.н. Н. В. Лукьяненко был представлен д.м.н. Т. В. Сафьяновой, к.м.н., доцентами В. И. Орловым, В. В. Шевченко, С. В. Широкоступом. Так, с этого года объединенная кафедра именовалась кафедрой эпидемиологии, микробиологии и вирусологии. Под руководством д.м.н. Т. В. Сафьяновой. В этот период на кафедру на должность лаборанта были устроены А.В. Тимонин и Т.С. Сергеев, ставшие в последующем преподавателями кафедры.
С 2017 по 2025 гг. коллектив кафедры укрепляют К.И. Сурсякова, М.А. Асманова, Е.А. Передельская, работающие на должности преподавателя. В результате серии успешных защит кандидатских диссертаций - ученую степень к.м.н. и должность доцента получают К.И. Сурсякова, М.А. Асманова, Е.А. Передельская, А.В.Тимонин.
Основатели кафедры микробиологии

Акимович Владимир Владимирович
Кандидат медицинских наук, организатор и первый зав. кафедрой микробиологии АГМУ (1955–1957 г.) Участник ВОВ. Возглавлял отряд по борьбе с особо опасными инфекциями. От Сталинграда дошел до Берлина, проверяя освобожденную территорию на эпидемиологическое благополучие. В ноябре 1955 г. приказом МЗ РСФСР был направлен на Алтай во вновь организующийся медицинский институт. Благодаря В. В. Акимовичу занятия по микробиологии начались вовремя. Первые микроскопы, первая микробиологическая посуда, оборудование и реактивы – все это заслуга В. В. Акимовича. Определилось первое направление научной работы кафедры – особенности дифтерийных бактерий в зависимости от экологических факторов их существования. Огромная эрудиция, любовь к своему делу сразу же привлекли к нему студентов, с первых же недель работы кафедры был организован кружок, которым он руководил.

Матусис Зинаида Евсеевна (1910 г. р.)
Родилась в г. Тифлис (Тбилиси). Доктор медицинских наук (1964), заведующая кафедрой микробиологии АГМИ с 1957 по 1966 г. Закончила лечебный факультет Одесского медицинского института в 1939 г. В 1948 г. защитила кандидатскую диссертацию на тему «Взаимоотношения между комплементарным титром крови и витамином С», докторскую – «Гноеродный протей как этиологический фактор остеомиелита и других гнойных инфекций». Награждена медалью «За доблестный труд в ВОВ», и знаком «Отличник санитарной обороны СССР».